Я собственник 1/3 доли квартиры, проживаю (постоянная регистрация) совместно с семьей брата. Могу ли я оформить субсидию только на себя, без учета родственников?

Да, можете. Вы как собственник доли жилого помещения вправе обратиться за субсидией самостоятельно. Субсидия Вам будет рассчитана исходя из Ваших доходов и предоставляться на принадлежащую Вам долю собственности.